学生納付金をATMやインターネットバンキングで納付できますか

可能です。但し、振込名義の不備で学生が特定できず未納状態となることがありますので、必ず、振込依頼書に記載されている「依頼人コード　学生ｶﾅ氏名」を付してください。
https://www.nagano.ac.jp/current/fee/